消毒是阻斷傳染病傳播的重要措施。消毒工作應該由進行過培訓有現場消毒經驗的人員進行，掌握消毒劑的配制方法和消毒器械的操作方法，針對不同的消毒對象采取相應的消毒方法。
一、嘔吐物、排泄物、血液和污物的消毒
稀薄的污物，每升加等量20000mg/L含氯消毒劑溶液，攪勻放置2h。無糞的尿液每升加10000mg/L含氯消毒劑溶液100 ml混勻放置2h。成形糞便可用50000mg/L含氯消毒劑溶液2 份加于1份糞便中，混勻后，作用2h。
二、盛排泄物或嘔吐物的容器：
可用5000mg/L含氯消毒劑溶液、或0.5% 過氧乙酸溶液浸泡30 min，浸泡時，消毒液要漫過容器。
三、污染的診療器械的消毒
重復使用的醫療器具應當參照《醫療機構消毒技術規范》和《醫院消毒供應中心第2部分：清洗消毒及滅菌技術操作規范》中“關于突發原因不明的傳染病病原體污染的診療器械、器具和物品的處理流程”進行處置。僅接觸患者完整皮膚的聽診器、體溫計、血壓計等低度危險性的診療用品，可用0.2%以上濃度季銨鹽類消毒劑或75%的酒精反復擦拭。
四、污染織物的消毒
患者使用過的、診療使用的污染織物，應先浸泡消毒，再清洗。可用500mg/L二溴海因或溴氯海因消毒劑，浸泡30分鐘。也可使用含氯消毒劑，濃度和作用時間同上。
五、污染餐具的消毒
患者用過的餐飲具，應先消毒，再清洗。可用500mg/L二溴海因或溴氯海因消毒液，或500mg/L含氯消毒劑，浸泡30分鐘。然后用凈水沖洗。也可使用一次性餐飲具，用后按醫療廢物收集。
六、污染環境表面和物品的消毒
用擦拭或噴灑法消毒。可用1000mg/L二溴海因或溴氯海因消毒液，或2000 mg/L含氯消毒劑、0.5%過氧乙酸消毒劑，作用30分鐘；在表面上噴灑消毒液時，噴灑液體量以噴濕為度。作用到要求時間后，用凈水濕巾擦拭，去除殘留消毒劑。
七、手和皮膚的消毒
用0.5% 碘伏溶液（含有效碘5000 mg/L）或0.5%氯己定醇溶液涂擦，作用1 min～3 min，也可使用快速手消毒劑。
八、空氣的消毒
病房有人的情況下保持房間通風，自然通風不良則必須安裝足夠的通風設施(排氣扇)。必要的情況下進行消毒，房屋經密閉后，每立方米用15%過氧乙酸溶液7 ml(1g/m3)，薰蒸消毒1h，即可開門窗通風。或以2%過氧乙酸溶液(8ml/m3)氣溶膠噴霧消毒，作用30min‾60min。有條件可使用靜電吸附式空氣消毒器或循環風紫外線空氣消毒器，在有人的情況下進行空氣消毒，或其它人在情況下可使用的空氣消毒器。
九、運輸工具
車、船內外表面和空間，可用0.5% 過氧乙酸溶液或2000mg/L含氯消毒劑溶液噴灑至表面濕潤，作用60 min。密閉空間還可用2%過氧乙酸（8ml/m3）進行氣溶膠噴霧消毒，作用60min。
十、垃圾、醫療廢物
患者產生的生活垃圾，放入醫療廢物收集袋，外層消毒后放入新的醫療廢物收集袋，按醫療廢物收集、處理。醫療廢物的處置遵循《醫療廢物管理條例》的要求，雙層封裝后按照當地的常規處置流程進行處置。
